Theo Nghị quyết sắp xếp các đơn vị hành chính, tỉnh Khánh Hòa có 65 đơn vị hành chính cấp xã, gồm: 48 xã, 16 phường và đặc khu Trường Sa.
Đặc khu Trường Sa là vùng đảo có vị trí địa chiến lược cực kỳ quan trọng và thuộc chủ quyền của Việt Nam. Mặc dù có điều kiện tự nhiên khắc nghiệt, Trường Sa vẫn từng bước được xây dựng để trở thành điểm tựa vững chắc ngoài khơi xa.
Đảo Trường Sa Lớn thuộc quần đảo Trường Sa (Ảnh: Lê Văn Hùng)
Trường Sa là đặc khu xa bờ nhất Việt Nam, nằm giữa Biển Đông. Phía Bắc giáp đặc khu Hoàng Sa, phía Đông giáp biển Philippines, phía Nam giáp biển của Malaysia, Brunei và Indonesia.
Từ nửa đầu thế kỷ XVII, Chúa Nguyễn đã tổ chức "đội Hoàng Sa", gồm người dân xã An Vĩnh (huyện Bình Sơn, phủ Quảng Ngãi), ra đặc khu Hoàng Sa mỗi năm từ 6 đến 8 tháng để thu lượm hàng hóa trôi dạt, đánh bắt hải sản quý hiếm, đo vẽ bản đồ, lập hải trình, trồng cây và dựng mốc chủ quyền.
Đến thế kỷ XIX, nhà Nguyễn tiếp tục thành lập "đội Bắc Hải" (gồm dân các thôn Tứ Chính và xã Cảnh Dương, phủ Bình Thuận) với nhiệm vụ mở rộng phạm vi hoạt động ra cả Hoàng Sa và Trường Sa, khẳng định chủ quyền quốc gia. Điều này chứng tỏ rằng từ nhiều thế kỷ trước, Việt Nam đã xác lập và thực thi chủ quyền một cách hòa bình, liên tục đối với đặc khu Hoàng Sa và Trường Sa, khi các quần đảo này vẫn còn là lãnh thổ vô chủ, không gặp phải sự phản đối của bất kỳ quốc gia nào.
Sau nhiều lần điều chỉnh đơn vị hành chính trong lịch sử, tháng 4/2007, Trường Sa chính thức trở thành huyện trực thuộc tỉnh Khánh Hòa, gồm thị trấn Trường Sa và hai xã Song Tử Tây, Sinh Tồn.
